Thông thường khi nói đến nguyên nhân của lệch lạc răng hàm thì ta phải bắt đầu từ phân loại lệch lạc răng hàm rồi sau đó mới mới phân tích nguyên nhân của mỗi loại. Nhưng hiểu biết của chúng ta về nguyên nhân của lệch lạc răng hàm vẫn còn nghèo nàn. Thêm nữa, lệch lạc răng hàm do nguyên nhân khác nhau thì đôi khi lại có biểu hiện tương tự nhau. ở đây khi nói đến nguyên nhân thì ta chỉ tập trung vào bộ phận chịu ảnh hưởng đầu tiên, tuy nhiên đây không phải là vấn đề đơn giản do khả năng thích ứng của cơ thể sẽ tạo nên những biến thể lệch lạc khác nhau.

Di truyền:

Chấn thương:

Có 2 loại chấn thương: trong bào thai và sau khi sinh đều có thể dẫn đến biến dạng sọ mặt.

- Mất răng sữa sớm: Thường do sâu răng, sẽ được đề cập kỹ hơn trong phần bệnh lý sâu răng.
- Loại thức ăn hay sử dụng: Thức ăn sơ chế hay thức ăn xơ sẽ làm cho cơ tăng hoạt động và sẽ có tác động mạnh lên răng. Những loại thức ăn này thường ít gây sâu răng, làm tăng chiều rộng trung bình của cung răng, và tăng mòn răng . Thức ăn tinh chế, sệt, nhuyễn sẽ có thể gây lệch lạc răng hàm. Các cơ nhai kém hoạt động có thể làm cung hàm thu nhỏ lại, răng mòn ít, và không có sự biến đổi khớp cắn theo sinh lý như hay gặp trên hàm răng trưởng thành.

Tất cả những thói quen co cơ hình thành theo một cách tương đối phức tạp. Một vài thói quen giúp kích thích sự phát triển của xương hàm, ví dụ như: vận động bình thường của cơ nhai và môi. Không có thói quen tốt sẽ làm lệch lạc hay cản trở sự phát triển của răng, xương, làm lệch lạc răng, thở rối loạn, khó nói, mất thăng bằng cả vùng mặt, ảnh hưởng đến tâm lý. Do đó không thể chỉnh sửa khớp cắn nếu không tác động đến những hoạt động phản xạ co cơ.

Thè lưỡi khi nuốt có thể gây lệch lạc răng hàm, có 2 loại:
- Thè lưỡi khi nuốt đơn giản: thè lưỡi khi nuốt nhưng các răng vẫn chạm nhau khi nuốt.
- Thè lưỡi khi nuốt phức tạp.

Mút môi có thể xuất hiện đơn độc hay có thể kèm với mút ngón tay. Thường thì bệnh nhân hay mút môi dưới, trong khi cắn môi thì có thể gặp cả với môi trên.
Khi môi dưới bị giữ nằm sau răng cửa trên thì nó sẽ đẩy những răng cửa trên này ra phía trước, tạo ra khớp cắn hở, và đôi khi làm cả những răng cửa hàm dưới nghiêng ra sau (Hình 16).

Những người có tư thế toàn thân không tốt thì thường cũng có tư thế hàm dưới không tốt. Tư thế toàn thân hay hàm dưới không tốt đều có ảnh hưởng xấu cho sức khỏe.
Ngược lại khi giữ thẳng người, đầu đặt trên cột sống, thì thường cằm sẽ được đặt ở phía trước trong tư thế tối ưu.
Tư thế là kết quả của sự phối hợp của những phản xạ co cơ, do đó ta có thể chỉnh sửa và thay đổi.
Tư thể lưỡi bất thường thường do khớp cắn hở, và không được nhầm nó với tật thè lưỡi khi nuốt (Hình 17). Tư thế lưỡi bất thường có thể làm khớp cắn hở rộng thêm, và thường rất khó chữa.

Nếu răng sữa mất trước khi răng vĩnh viễn bắt đầu mọc (hình thành thân răng đã hoàn tất, hình thành chân răng đã bắt đầu) thì xương ổ răng sữa mới nhổ sẽ được tái tạo lại, ngăn cản răng vĩnh viễn mọc, làm chậm quá trình mọc răng. Khi răng vĩnh viễn chậm mọc thì những kề răng bên sẽ nghiêng về phía khoảng trống làm hẹp chỗ của răng vĩnh viễn.

Ðây là một thuật ngữ để chỉ khoảng chục loại khiếm khuyết trong quá trình phát triển bào thai. khoảng một chục hội chứng sọ mặt nằm trong nhóm này: không có bẩm sinh một số cơ, tật hàm nhỏ, khe hở mặt, chậm mọc răng, không có mầm răng.

Suy dinh dưỡng có ảnh hưởng chủ yếu đến chất lượng của tổ chức hình thành răng và tốc độ can xi hóa hơn là lên kích thước của răng (mặc dù những nghiên cứu trên súc vật thì thấy gây thay đổi kích thước răng là chủ yếu). Một khi suy dinh dưỡng đã ảnh hưởng đến răng, thì vai trò bảo vệ khi sử dụng Fluor tại chỗ và sâu răng khi ăn nhiều thức ăn Carbonhydrat sẽ rất rõ ràng. Mặc dù suy dinh dưỡng không gây lệch lạc răng hàm nhưng chế độ dinh dưỡng tốt có một vai trò quan trọng trong việc duy trì một sức khỏe tốt và vệ sinh răng miệng tốt.